北京基因组所(国家生物信息中心)宣布更新版新型冠状病毒信息库2019nCoVR
2020年12月28日,ibet(国家生物信息中心)抗疫攻关团队在国际学术期刊Genomics, Proteomics & Bioinformatics在线揭晓题为“The Global Landscape of SARS-CoV-2 Genomes, Variants, and Haplotypes in 2019nCoVR”的文章,系统先容新型冠状病毒(简称新冠病毒)信息库2019nCoVR更新版主要内容。
2019年12月尾新冠病毒肺炎疫情暴发,为支持海内外科学研究、疫情防控等事情,国家生物信息中心率先建设抗疫攻关团队,开展新冠病毒基因组信息整合与变异注释剖析,于2020年1月22日宣布新冠病毒信息库2019nCoVR。这一事情被写入国务院新闻办公室宣布的《抗击新冠肺炎疫情的中国行动》白皮书。第一版数据库宣布之后(相关文章于2020年2月12日在《遗传》杂志中文版揭晓),抗疫攻关团队一直优化刷新变异注释与剖析要领,富厚完善数据库功效。
2019nCoVR网络整合海内外多个数据库的新冠病毒基因组数据,提供实时、周全的新冠病毒基因组元信息、数据质量评估、全球漫衍与统计等,通过人工审编和自动化质量评估,增补增值注释信息。在此基础上,2019nCoVR剖析高质量的全长人源病毒基因组数据,注释新冠病毒基因组变异,获得全球规模内新冠病毒基因组变异图谱,基于采样时间和国家举行变异动态展示并构建单倍型网络,监测新冠病毒的时空撒播。
阻止2021年1月4日,2019nCoVR数据库已为全球175个国家/地区的近20万用户提供数据服务,会见量超50万次,累计数据下载凌驾2.2亿条,有用支持了北京新发地疫情分子溯源、巴基斯坦海内新冠病毒撒播演化剖析等事情,在全球抗疫历程中施展了主要作用。
北京基因组所(国家生物信息中心)的宋述慧和马利娜副研究员,以及邹东、田东梅、李翠萍、朱军伟工程师为该文配合第一作者,鲍一明研究员、薛勇彪研究员、赵文明正高级工程师、章张研究员为该文配合通讯作者。本研究获得了国家科技部重点研发妄想,以及中科院战略先导专项、信息化专项、青促会等项目支持。
单倍型网络与谱系漫衍(阻止2020年7月14日)。A. 单倍型网络动态显示单倍型(I)在各国(II)和随时间(III)的生长情形;B. 9大谱系结构图;C. 9大谱系关系示意图;D. 9大谱系在各大洲的比例漫衍;E. 9大谱系与SLG分类之间的关系。